Fin 1943.
Shirakawa, un pilote de chasse ayant combattu dans diverses régions du monde, rentre enfin à Tokyo. Il vient d'être muté au Centre d'essais aériens de l'armée impériale. Après une longue absence, Shirakawa A reprend sa vie de famille.
Sous le ciel de Tokyo... raconte le quotidien ordinaire d'un couple à une époque où la vie et la mort se côtoient chaque jour.