Avant de se consacrer pleinement à l'écriture, Ernest Pépin commence sa carrière en tant que professeur de français, puis il sera critique littéraire et animateur d'ions littéraires sur France 3.
De 1985 à 1995, il occupe le poste de chargé de mission au cabinet du conseil général de la Guadeloupe, avant d'y être promu directeur-adjoint. Il occupe ce poste pendant cinq ans. En mars 2001, il est nommé directeur des affaires culturelles, au même conseil général.
En 1984, il publie son premier recueil de poésie, Au verso du silence. Sept ans plus tard paraît Boucan de mots libres, un recueil publié aussi en espagnol sous le titre Remolino de palabras libres, et qui obtient le prix Casa de las Américas en 1991. Mais c'est son premier roman, L'Homme au bâton, paru l'année suivante (1992), qui lui apporte la reconnaissance. Suivront Tambour-Babel (1996), sélectionné pour les prix Goncourt et Renaudot, et Le Tango de la haine (1999), tous deux publiés chez Gallimard.