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El carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello es uno de los problemas de salud pública en todo el mundo cuya prevalencia aumenta cada año. Algunos estudios sugieren que pequeñas poblaciones de células iniciadoras de tumores o células madre cancerígenas (CSC) son responsables de la iniciación, tumorigénesis, progresión y metástasis, jugando un papel crucial en el desarrollo del cáncer, sin embargo no se sabe mucho sobre su origen. Con el fin de identificar un posible origen de las CSC se secuencio el exoma de tres diferentes grupos celulares provenientes del tumor primario de carcinoma escamoso. A partir de este análisis se logro identificar variantes en l genes implicados en las principales vías oncogénicas. Adicionalmente, el análisis de pérdida de heterocigosidad permitió la identificación de un posible origen de las CSC a partir de las células madre normales. Estos hallazgos apoyan la hipótesis de que la adquisición de características por parte de las células madre como: inactivación de la senescencia, apoptosis y la activación de los procesos de migración, contribuyen a su transformación en células madre cancerígenas ayudando al desarrollo del cáncer.