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L'objectif général de ce travail est d'évaluer efficacité du système de gestion des eaux usées du Centre Hospitalier et Universitaire (C.H.U) de Yaoundé.Des essais ont été conduits de décembre 2012 à mars 2013 à l'échelle d'une station pilote construite à l'ancienne station de traitement des eaux usées de CHU de l'Université de Yaoundé I aujourd'hui à l'abandon dans le but d'étudier l'efficacité du traitement de deux systèmes naturels de traitement des eaux usées en série constitué d'une série de filtre planté et de lagunage. Deux charges hydrauliques, respectivement 3 l/j et 5 l/j ont été testé avec chacune une répétition. Tandis que pour le système de lagunage, deux temps de rétention ont été étudiés. Les eaux usées ont été prélevées dans les différents compartiments du système, conservées en glacière réfrigérées et ramenées en laboratoire pour le suivi des paramètres physicochimiques et bactériologiques suivant les protocoles standards.