L'Encyclopédie propose une nouvelle configuration de la morale comme objet à la fois autonome et foncièrement articulé à d'autres grands domaines du savoir. Le concept de morale devient la porte d'entrée d'une science des moeurs plus vaste qui comprend notamment la politique et le droit. Il n'y a pas de science juridique ni de science politique possibles au XVIII^e siècle sans que celles-ci s'inscrivent dans une réflexion proprement morale sur les moyens et les fins de la politique, sur le bonheur, sur la liberté, sur le rôle de la loi et du législateur.

Mais le travail de l'Encyclopédie vise d'abord à synthétiser l'ensemble des propositions nouvelles élaborées par la réflexion philosophique en matière de morale plutôt que de définir un corps de doctrine unanimement accepté. Construction dialogique, l'Encyclopédie manifeste à la fois une sorte de doxa commune et des interprétations singulières d'une même question.

Lire l'Encyclopédie aujourd'hui, c'est donc en quelque sorte procéder à une sorte de remémoration critique de la réflexion morale des Lumières jusqu'au point où elle trouve son origine. Se dessine ainsi une éthique de la discussion, c'est-à-dire une éthique où chaque collaborateur ne se découvre que par la mise en regard de son propre point de vue avec ceux des autres. La mise en forme du Dictionnaire, du fait de la classification toujours problématique de ses multiples entrées pour un même sujet, du fait aussi de la diversité de ses rédacteurs, est à la fois le lieu où s'engendre un public capable de supporter cette polyphonie méthodique, et où apparait une manière inédite de représenter la complexité idéologique du siècle.

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