Tout en confiant à des officiers sédentaires le soin de recruter les équipages, de les nourrir et d'entretenir les vaisseaux, Colbert maintient pour deux siècles le système de la marine d'armateur dans le service militaire, selon les idées de son temps. Il ne parvient pas à imposer la discipline au corps des officiers de marine. Pourtant ce ministre a songé à une organisation réellement militaire, en formant pour chacun des vaisseaux un état-major et un noyau d'équipage permanents, et il a donc cherché à recruter des marins par la voie de l'engagement. Il a même été question de confier à nouveau aux officiers de marine l'entretien de leur bâtiment. C'était former la Marine de façon naturelle. L'institution des Classes ou Inscription maritime, vue dans ces conditions comme la réserve de l'armée navale, et les régiments ou compagnies d'infanterie de marine auraient permis de compléter les armements.

L'arsenal selon Colbert est une usine qui produit à la fois pour la marine en construction et pour la marine construite. Le régime normal, au moins celui des ateliers, en est le suivant: l'État achète les matières premières et les fait transformer par des artisans payés à façon. À la suite de Richelieu, et non sans exagération, Colbert emploie au service sédentaire des agents de l'ordre administratif et de l'ordre technique, sans partage d'attributions avec les officiers de marine. Les agents des deux autorités doivent néanmoins coopérer, dans les armements notamment. Les froissements entre le corps administratif civil (la Plume) et le corps des officiers de marine (l'Épée) ne sont pas exceptionnels à l'époque de Colbert, mais ils n'ont ni l'intensité ni le caractère véritablement maladif qui ont conduit à l'abandon de son système et à la militarisation partielle des arsenaux à partir de 1776, une oeuvre contre nature qui fait encore sentir ses effets, au moment où l'on annonce enfin leur émancipation.

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